La colonscopia è una procedure sicura. Le rare complicazione registrate sono legate a reazioni avverse ai farmaci somministrati durante la procedura. Spesso i pazienti affrontare l’esame con timore in quanto ritenuto doloroso, ma spesso si tratta più di fastidi generati dalla distensione delle pareti del colon. I sedativi e analgesici forniti sono utilizzati per ridurre al minimo la percezione di fastidio per il paziente.