L’esame è preceduto dalla insufflazione dell’intestino con una piccola quantità di CO2 tramite un sondino molto sottile introdotto nel retto che non provoca dolori né fastidi. Il gas verrà riassorbito dall’organismo senza creare disagio.  Dopo l’insufflazione del colon si esegue la scansione, prima con paziente supino e poi prono, in modo tale da individuare e rintracciare anche le formazioni più nascoste e meno visibili. L’esame dura pochi minuti.
Le informazioni catturate dalla macchina in pochi secondi vengono elaborate in tempo reale per individuare la zona sospetta del colon per la presenza di una formazione neoplastica.

Al termine dell'esame il paziente può avvertire un leggero fastidio dovuto al sondino necessario per insufflare il colon e permettere all'operatore di avere una visuale completa dell'organo. La colonscopia virtuale è sconsigliata per i pazienti con patologie infiammatorie attive, come colite cronica, morbo di Chron o diverticolite.