Il periodo d'incubazione della malattia di Lyme varia dai 4 ai 25 giorni, più frequentemente dai 7 ai 14 giorni. Inizialmente esordisce con una eruzione cutanea, nota come
eritema cronico migrante, contraddistinta dalla caratteristica forma “a bersaglio”, che col passare dei giorni si estende fino a raggiungere i 30 centimetri. Altri sintomi comuni sono febbre, dolori muscolari e articolari, mal di testa,
cefalee e collo rigido. In alcuni casi possono insorgere vere e proprie complicanze dovute alla disseminazione del batterio all’interno del sistema nervoso centrale (
meningiti) e problematiche cardiache. La comparsa di artriti è invece tipica degli stadi più avanzati della malattia.